使用加密文件和文件夹需要注意以下几点：首先，被压缩的文件或文件夹没办法被加密。其次，如果使用 FAT32 等其它文件系统，则无法使用加密文件系统的功能。第三，在使用加密文件系统时，需要注意保护文件的完整性和安全性。最后，在进行远程加密时，通过网络传输的数据并未加密，因此需要使用其它协议确保数据的安全性。这些注意事项是加密文件系统应用的重要组成部分，需要特别注意以保证文件的保密性和安全性。

对称加密算法比非对称加密算法使用速度更快，因此被用于加密和解密大量数据。文件加密密钥（FEK）会使用一个与加密文件的用户相关联的公钥加密，然后将加密的 FEK 存储在加密文件的 EFS 可选数据流中。如果需要解密该文件，需要使用匹配加密文件系统数字证书的私钥，来驱动加密文件系统的组件驱动程序，来解密存储在加密文件系统流中的对称密钥。EFS 组件驱动程序然后使用对称密钥来解密该文件，被加密的文件夹会被文件系统标记为 “加密” 属性。